Pro provádění úředních kontrol nad potravinami má hygienická služba k dispozici 347 pracovníků – lékařů humánní veterinární medicíny, magistrů i bakalářů veřejného zdravotnictví či dalších odborných pracovníků a asistentů v ochraně veřejného zdraví. Tito v roce 2012 provedli ve stravovacích zařízeních – restauracích, stáncích, školních, závodních, nemocničních jídelnách apod. 56 065 kontrol. Předmětem těchto kontrol je dodržování potravinového práva, tedy vyloučení, nebo minimalizace rizika poškození zdraví v důsledku požití závadných potravin, přičemž zdravotní riziko představuje především další manipulace se surovinami v souvislosti se zdravotním stavem zaměstnanců, kteří mohou být také zdrojem nákazy. Požadavky na hygienu potravin jsou pak stanoveny legislativou Evropského společenství.Hlavní hygienik Vladimír Valenta podotýká: „Za šedesátiletou historii působení hygienické služby došlo k výraznému poklesu výskytu hromadných onemocnění z potravin a výraznému posunu v hygienické úrovni stravovacích provozoven, a to především díky zvyšování důrazu na prevenci a kontrolu. V roce 2012 došlo ve srovnání s předchozím rokem k výraznému nárůstu počtu úředních kontrol v zařízeních veřejného stravování, cca o 65%, což bylo způsobeno také mimořádnými kontrolními akcemi v souvislosti s metanolovou aférou.“Pokud kontrola prokáže riziko přímého ohrožení nebo poškození zdraví, nařizují hygienici omezení nebo pozastavení činnosti, likvidaci potravin a pokrmů, nebo mohou na místě provozovnu i uzavřít. Takových opatření bylo v roce 2012 uloženo 882. Vedle nich jsou ukládány také sankce. V roce 2012 jich bylo celkem 6 170 ve výši 12 796 000 Kč.V oblasti předmětů a materiálů určených pro styk s potravinami představuje jednoznačně největší problém dovoz ze zemí mimo Evropskou unii. V této oblasti bylo uloženo 37 sankcí ve výši 920 000 Kč. Kromě nich bylo uloženo 11 zákazů uvádění na trh a jejich stažení z distribuce. Dále přijali dovozci a výrobci těchto předmětů 75 dobrovolných opatření, která byla následně hygieniky prověřena. Hygienická služba vykonává také dozor nad dodržováním předpisů o kouření v provozovnách společného stravování. V roce 2012 bylo vykonáno 220 237 takových kontrol a při tom zjištěno 796 závad.